木材运输需要办理下列证件，办理手续比较繁琐。
首先车辆要有行驶证、道路运输证、驾驶员要有驾驶证和道路运输从业资格证、然后要去林业部门办理木材准运证。
凭你所在村或乡镇介绍信和证明木材合法来源的证件及植物检疫证明
到当地林业部门办理木材运输许可证。
运输森林植物及其林产品（包括乔木、灌木、竹类、野生珍贵花卉、苗木、林木种子、繁殖材料和木材等），必须持有县级以上森林植物检疫机构签发的检疫证书。 铁路、公路、水运、航空等运输部门和邮政部门，凭木材运输证明和检疫证书办理承运、邮寄手续。林业执法人员可以进入车站、港口、机场、货场进行检查。
如果是福建省请参考此申请木材运输证条件和程序：
1．任何单位和个人依法采伐的木材或持有合法来源证明的木材，需要运输的均有权申请木材运输证。
2．申请木材运输证应提交的材料 ：
（1）申请者填写《木材运输证申请表》；
（2）按规定需要提交的检疫证明、育林费、维简费有关单据或证明；
（3）根据木材来源不同，分别提交下列有关证明文件：
①林权单位或者个人销售其生产的木材，应当提交本辖区县级以上林业主管部门批准的采伐许可证和木材检验机构现场检验填写的《码单》，属珍贵树木的还应同时提交《福建省林业厅珍贵树种特许采伐批复》；
②再次运输木材的，应提交原运输证或者木材交易合法证明，属珍贵树木的，且持省内运输证的应同时提交《福建省特殊用材运输证明》；木材交易合法证明是指经县级以上林业主管部门批准的木材经营加工单位开出的税务发票或《码单》；
③依法没收的木材，应提交执法机关做出的林业行政处罚决定书或司法机关的结案证明；
④农村居民采伐自留地及房前屋后的零星木材应提交乡镇林业工作站的证明。属国家和省地方重点保护的珍贵树木按第①项办理。 批准时限 对材料齐全的，自接到申请之日起3日内发给木材运输证。