法院可以查封有他项权证的房子。
因为有他项权证的房屋，就是已经办理抵押登回记的房屋。抵押贷款一答般不会是足额抵押，绝大多数都是按照房屋价值的70%贷款，剩余的价值法院可以查封、拍卖，用来偿还抵押人所欠的其他债务。
法院对有他项权证的房屋拍卖前，会通知抵押权人申请参与分配。房屋的拍卖款，抵押权人可以优先受偿。
《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国民事诉讼法〉的解释》第五百零八条
被执行人为公民或者其他组织，在执行程序开始后，被执行人的其他已经取得执行依据的债权人发现被执行人的财产不能清偿所有债权的，可以向人民法院申请参与分配。
对人民法院查封、扣押、冻结的财产有优先权、担保物权的债权人，可以直接申请参与分配，主张优先受偿权。