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上述土地转让合同属无效，属于《城市房地产管理法》禁止性行为；
补充协议属于无效，无回权答处分行为。
就土地使用权转让部分，因上述情况必然无法通过变更登记，故上述合同无实际履行能力，之后因合同无效导致的民事纠纷的，恢复原状。
就补充协议侵犯运输公司部分，因补充协议无实际履行能力，故运输公司不必理会。