一、概念不同
1、巴洛克建筑
巴洛克建筑是17~18世纪在意大利文艺复兴建筑基础上发展起来的一种建筑和装饰风格。其特点是外形自由，追求动感，喜好富丽的装饰、雕刻和强烈的色彩，常用穿插的曲面和椭圆形空间来表现自由的思想和营造神秘的气氛。
2、哥特式建筑
哥特式建筑（英语：Gothic architecture），或译作歌德式建筑，是一种兴盛于中世纪高峰与末期的建筑风格。它由罗曼式建筑发展而来，为文艺复兴建筑所继承。
发源于十二世纪的法国，持续至十六世纪，哥德式建筑在当代普遍被称作“法国式”（Opus Francigenum），“哥德式”一词则于文艺复兴后期出现，带有贬意。哥德式建筑的特色包括尖形拱门、肋状拱顶与飞拱。
二、起源不同
1、巴洛克建筑
巴洛克建筑是欧洲17世纪和18世纪初的巴洛克艺术风格中的一个层面。17世纪起源于意大利的罗马，后传至德、奥、法、英、西葡，直至拉丁美洲的殖民地。
从语源学上讲，巴洛克是一切杂乱、奇异、不规则、流于装饰的代名词。而这一时期的建筑也确实体现了这一点。它能用直观的感召力给教堂、府邸的使用者以震撼，而这正是天主教教会的用意（让更多的异教徒皈依）。
2、哥特式建筑
哥特式建筑是以法国为中心发展起来的。在12—15世纪，城市手工业和商业行会相当发达，城市内实行一定程度的民主政体，市民们以极高的热情建造教堂，以此相互争胜来表现自己的城市。
另外，当时教堂已不再是纯属宗教性建筑物，它已成为城市公共生活的中心，成为市民大会堂、公共礼堂，甚至可用作市场和剧场。在宗教节日时，教堂往往成为热闹的赛会场地。
三、风格特点不同
1、巴洛克建筑
典型实例有罗马的圣卡罗教堂，是波洛米尼设计的。它的殿堂平面近似橄榄形，周围有一些不规则的小祈祷室；此外还有生活庭院。殿堂平面与天花装饰强调曲线动态，立面山花断开，檐部水平弯曲，墙面凹凸度很大，装饰丰富，有强烈的光影效果。
尽管设计手法纯熟，也难免有矫揉造作之感。17世纪中叶以后，巴洛克式教堂在意大利风靡一时，其中不乏新颖独创的作品，但也有手法拙劣、堆砌过分的建筑。
2、哥特式建筑
哥特式建筑的特点是尖塔高耸、尖形拱门、大窗户及绘有圣经故事的花窗玻璃。在设计中利用尖肋拱顶、飞扶壁、修长的束柱，营造出轻盈修长的飞天感。
新的框架结构以增加支撑顶部的力量，予以整个建筑直升线条、雄伟的外观和教堂内空阔空间，常结合镶着彩色玻璃的长窗，使教堂内产生一种浓厚的宗教气氛。
参考资料来源：百度百科－巴洛克建筑
参考资料来源：百度百科－哥特式建筑