批5层建了3层并办了房产证后来又加2层这两层算是违建吗

既然已经批准建五层，那么就是说建五层是符合规划要求的。
不过房产证上肯定是三层，所以现在加盖两层必须赶快去不动产管理中心办理新的不动产权证。
办理过程中需要提供什么手续，全力配合就可以了。