首先，不要盲目滥用。高锰酸钾是一种外用消毒剂，临床上常用它冲洗或坐浴治疗肛门、会阴等部位的炎症。如果没有炎症，仅把它作为一种清洁剂来长期盲目滥用，那就大错特错了。
另外，使用高锰酸钾水溶液坐浴治疗肛管直肠炎也应按不同情况分别对待。对由于葡萄球菌、大肠杆菌等细菌感染引起的肛管直肠周围感染，都可以用高锰酸钾水溶液坐浴作为辅助治疗。因为这些病原微生物不适宜在酸性环境中生长，容易被高锰酸钾杀灭。而霉菌性直肠炎主要是由念珠菌引起，这种霉菌平时可在阴道中寄生。在机体抵抗力降低或长期大量应用广谱抗生素等药物时，念珠菌会因菌群紊乱而迅速繁殖，从而导致直肠炎的发生。如此类肛管直肠炎用高锰酸钾治疗，非但不能抑制霉菌繁殖，有时甚至会加重病情。
第二，掌握药物浓度。外用冲洗或坐浴治疗肛门等部位炎症时，必须掌握好其配制浓度。正确的做法是：用19高锰酸钾配5000ml水，同时要搅拌均匀。肉眼观察为粉红色即可使用。
第三，要做到现配现用。由于高锰酸钾放出氧的速度慢，浸泡时间一定要达到5分钟才能杀死细菌。配制水溶液要用凉开水，热水会使其分解失效。配制好的水溶液通常只能保存2小时左右，当溶液变成褐紫色时则失去消毒作用。
第四，遇到特殊情况如局部皮肤瘙痒、红肿等，务必在使用前咨询一下医生，避免不必要的损伤。
高锰酸钾坐浴最好使用专业的免蹲助康坐浴盆，放在马桶上或者椅子上使用，效果更好。