首先要强调一下，透明的水性木器漆上色所使用的色精绝不是涂料色浆，回而是专用的水性答色精或者水油两用色精。色精也包括两类，一种是透明氧化铁系列，还有一种是金属络合染料系列。相比较而言透明氧化铁系列比较环保，但是颜色较淡，色彩比较单一。而金属络合染料易有重金属离子问题，但是它的颜色较多而且色彩较浓。
上色的方法不外乎两种，一种是擦色，另一种是调色。所谓擦色是指用擦布沾透明色精，在木材表面均匀的擦涂，使木材改变原来的颜色。所谓的调色就是，将透明色精直接混入底漆或者面漆当中，然后在木材表面施工。擦色一般是在批完透明腻子以后进行的，如果不批透明腻子，也需要在涂刷过一层透明底漆以后再擦色。因为木材是多孔性的表面，如果直接擦色，由于各处木材吸附性的不同，擦布移动速度的不同，会导致各处颜色的不均匀。如果有一层透明腻子或者透明底漆在下面，擦布可以来回擦拭直至颜色均匀。而直接在透明底漆或者面漆中调入色精后，施工则不会有这样的问题。擦色的效率较低，但是可以人为控制，调色的效率较高，但是在一些不容易喷涂到的表面则不得不使用擦色。