1、将来来肯定有问题，房屋所有权的自变更必须是以变更房产证上的名字为准的。你朋友不能提供房产证这房子就不是你的，签什么协议都没有用，这种交易是不受法律保护的。
2、就算这房子有两证也不行，如果是他父亲的名字，那么现在这房子就是遗产，必须完成分割，确定继承人才能由继承人把房子卖给你。而现在这房子的继承人是包括你朋友母亲和他们三个兄妹的，如果是他父母的共同财产，还得让你朋友的母亲把她的那一半所有权赠与给你朋友，这样他把房子卖给你才是合法的。
所以现在能给你的建议是尽快把房子还给他，让他把钱还你。如果他不同意就走法律程序