小产权房的坏处是法律上的权利没有保障，即不能确定房屋所有权（没有明专确的产权），不能办理房屋产属权证，不能依照法定程序进行买卖。另外，如遇国家征收，所得补偿也较有完整产权的房屋要低的多。
小产权房是指在农村集体土地上建设的房屋，未缴纳土地出让金等费用，其产权证不是由国家房管部门颁发，而是由乡政府或村政府颁发，亦称“乡产权房”。
小产权房有五大风险和危害：
其一，因为“目前的法律法规不允许在集体土地上进行房地产开发，不允许集体土地上建设的房屋向本集体经济组织以外成员销售”，所以购买了小产权房的人没有产权证，一旦国家要征用土地，没有权属证明保护自己的权益；
其二，这类房子不能上市交易；
其三，如果是占用耕地建设，违反了国策；
其四，扰乱房地产秩序的建立；
其五，别墅产品类型居多的小产权房，业主和当地村民因为社会财富等不同，容易形成新的社会矛盾。