自家别墅门厅上面加了一层六平米左右当二层的卫生间用算违建吗

当然是违建了，你本来的房子是没有的，现在你的房产证上面也是没有这个卫生间的，所以肯定是违建。

你说的这种情况在二层上面再加建一个六平方左右的，其实算是违建。