涂复刷木器清漆底漆制后，可使用水性腻子进行板材的处理。水性腻子开盖后为果冻状，施工时可采取刮涂和刷涂两种方式。刮涂时，用刮板直接涂刮，应尽力将其刮入板材内，针眼较大的板材最好多次涂刮，腻子涂层越薄越好;采取刷涂时，应将面漆与腻子相混合后进行调和，然后用羊毛刷刷涂板材，涂层越薄越好。在涂刷腻子完全干固后，再使用600目左右的水砂纸进行打磨即可。
对于需涂刷水性木器清漆的板材，根据需要修补的钉眼颜色，可将相应颜色的水性色粉加入到腻子粉中，并加入适当乳胶进行调和，用以修补钉眼。由于用水性漆涂刷板材，钉眼颜色不会随涂刷遍数的增加而变深，所以用于修补钉眼的腻子膏颜色应比被涂板材颜色略深。对于较大的钉眼应分几次填补。