在日本不同的地方也会有些许不同，其他地方不知道不做评论，大阪京都这两个地方前段时间刚去过给你做个参考。
关于厕纸的问题。我住的是民俗如厕使用的纸是专用厕纸，柔软很多，所以需要直接扔入马桶，超市很少见到抽纸都是湿纸巾。
吸烟的问题。一般的区域尤其是自动贩卖机其实是可以吸烟的，只不过经过的人可能会不喜欢，所以尽量到超市车站门口有吸烟桶的地方吸烟。有些繁华的地方是禁止随处吸烟的，比如道顿崛我只发现4个吸烟点，其他地方吸烟被发现处罚一千日元，折合人民币90元左右。一定要注意不要抽游烟！
在日本没有固定的行走方向，也许你上这个楼梯是在左边那个楼梯就在右边，所以多看前面的人和多看标识。
去日本的话如果使用谷歌地图的话，华为手机国内卡是无法使用的，即使在国内租用的移动wifi也不能，所以如果需要使用谷歌地图最好办一张当地短期电话卡或者租用日本的移动wifi。
日本的垃圾桶很少，所以最好自身携带一个塑料袋装垃圾。
坐日本交通工具尽量不要喝饮料，但我见过当地人在饮料瓶外套一个塑料袋的。吃东西肯定不行。背包乘坐交通工具需要把背包放到身前，不要给别人添麻烦。
想到的就这么多，希望能帮到你。其实去日本完全不用担心，日本的治安还是不错的，所以自由行也可以。另外日本人的所谓素质有点被高估，人行道上只允许推行的自行车骑得也不慢，只不过大多数会看到行人的时候减速避让；不让抽烟的地方日本人也有随地抽烟的，虽然韩国人和香港人更多些；不让横穿马路的黄实线照样有欧美人横穿。多出去看看，别跟那群连村子都没出过就嚷嚷着爱国的愤青们见识，清朝怎么灭的国估计他们是不知道的。