主要可分为五类。
1、佛传故事：主要宣扬释迦牟尼的生平事迹。其中许多是古印度的神话故事和民间传说，佛教徒经过若干世纪的加工修饰，附会在释迦身上。一般画“乘象入胎”、“夜半逾城”的场面较多。第290窟（北周）的佛传故事作横卷式六条并列，用顺序式结构绘制，共87个画面，描绘了释迦牟尼从出生到出家之间的全部情节。这样的长篇巨制连环画，在我国佛教故事画中是罕见的。
2、本生故事画：是指描绘释迦牟尼生前的各种善行，宣传“因果报应”“苦修行善”的生动故事。也是敦煌早期壁画中广泛流行的题材，如“萨捶那舍身饲虎”、“尸毗王割肉救鸽”、“九色鹿舍己救人”、“须阁提割肉奉亲”等。虽然都打上了宗教的烙印，但仍保持着神话、童话、民间故事的本色。
3、因缘故事画：这是佛门弟子、善男信女和释迦牟尼度化众生的故事。与本生故事的区别是：本生只讲释迦牟尼生前故事；而因缘则讲佛门弟子、善男信女前世或今世之事。壁画中主要故事有“五百强盗成佛”、“沙弥守戒自杀”、“善友太子入海取宝”等。故事内容离奇，情节曲折，颇有戏剧性。
4、佛教史迹故事画：是指根据史籍记载画成的故事，包括佛教圣迹、感应故事、高僧事迹、瑞像图、戒律画等。包含着历史人物、历史事件，是形象的佛教史资料。这类画多绘于洞窟龛内四披、甬道顶部和角落处次要地方。但有的也绘于正面墙壁，如第323窟的“张骞出使西域图”、“佛图澄”和第72窟的“刘萨诃”等。
5、比喻故事画：这是释迦牟尼深入浅出、通俗易懂地给佛门弟子、善男信女讲解佛教教义所列举的故事。这些故事大都是古印度和东南亚地区的寓言、童话，被佛教徒收集记录在佛经里，保存至今。敦煌壁画中的比喻故事有“象护与金象”，“金毛狮子”等。