硅藻泥有以下缺点：
1、硅藻泥抗摩擦能力差。
2、硅藻泥抗液体污渍能力差。
3、硅藻泥价格相对乳胶漆较高。
然而，硅藻泥这三大缺点恰恰是由硅藻泥的优点所决定的，换句话说，没有了硅藻泥的这三个缺点，硅藻泥的优点也就荡然无存了，硅藻泥的优点与缺点是相辅相成的对立关系，既矛盾又统一的辩证关系。我们逐一分析一下硅藻泥的缺点与优点的关系：
硅藻泥缺点一：抗摩擦能力差
我们知道，硅藻泥是以硅藻土为主要原料的矿物质涂覆材料，硅藻土没有粘合性，硅藻泥的粘合剂是矿物粘合剂或者植物粘合剂，其黏合能力要比甲醛、苯类的化学胶差好多，大家也都知道乳胶漆、壁纸和艺术漆的用胶量有多大！如果大量的用胶，硅藻泥就不是硅藻泥了，只能是硅藻泥乳胶漆，硅藻泥环保性的优势就没有了。所以，我们在选择硅藻泥的时候，用力摩擦、喷水后反复摩擦都不掉粉的硅藻泥是假的，真正的硅藻泥遇水“还原成泥”，喷水后是不能用力去扣的。
硅藻泥缺点二：抗液体污渍能力差
如果将墨汁、可乐等洒在壁纸和乳胶漆上，可以直接用湿毛巾擦拭干净，而硅藻泥是不能用很湿的毛巾用力擦拭的。硅藻泥之所以用硅藻土为主要材料，还是看好了硅藻土的微孔吸附能力，产生吸附甲醛和水分子的功能性，真正的硅藻泥表面微孔丰富，具有很好的渗透性，没有渗透性那么就没有功能性了，那是因为硅藻土含量不足20%或者硅藻微孔被胶完全堵塞孔造成的。由此可见，能够抗渗透性污渍的硅藻泥是伪硅藻泥，而渗透性好硅藻泥的巨大优点。
硅藻泥缺点三：价格相对乳胶漆偏高
硅藻泥价格相对乳胶漆较高是由两方面的因素构成的，一是硅藻泥的原材料均为环保矿物质材料，成本要比乳胶漆高；二是硅藻泥施工的厚度是乳胶漆的三倍以上，手工纹理居多，施工成本高。硅藻泥价格也可以做的很低，做的很薄可以省原材料成本，用平涂或者喷涂的施工工艺节来节省施工成本，这些就是低价硅藻泥的“猫腻”。
如何规避硅藻泥的缺点：经常容易硬件摩擦的地方如转椅的后面，或者经常会有污渍出现的地方如厨房，可以不用硅藻泥，而顶、卧式、沙发背景墙、玄关等绝大部分墙面都不会经常接触到可以用硅藻泥，充分发挥出硅藻泥环保、净化能力和色彩的优势来。