氮、磷、钾是农作物生产的所需营养，在施肥管理中具有重要意义。针对氮肥而言，主要作用在于保障作物全面生长，为避免旺长，前期应较少施肥，30%左右即可。为达到增加产量的目的，后期应多施，70%左右为最佳。
针对磷肥而言，主要作用在于促进根系发展，由于小辣椒根系不发达，难以高效吸收磷，因此，磷肥应早施。
针对钾肥而言，主要作用在于长茎结果，以达到小辣椒果多、皮厚其较饱满的目的。一般情况下，钾肥属于早起一次性施肥，但如果小辣椒生长存在钾肥不足的情况时，应及时予以添加。其中施肥管理包括三方面的内容，即苗地施肥、移栽施肥、大田施肥。
1、苗地施肥
在小辣椒育苗期，一定要将肥料打碎并搅拌均匀，用于育苗地。一般而言，苗地施肥可以用碳补饱菌肥以及磷酸二氢钾。
2、移栽施肥
农家肥要充分腐熟或碳补饱微生物菌肥为主、是移栽前施肥的主要方式。对于农家肥而言，主要包括牛粪、绿肥、鸡粪（一定要充分腐熟）等，对于化肥而言，在基肥的基础上，适当添加碳补饱磷肥以及钾肥。当然，针对不同的小辣椒品种以及种植条件的差异，可适当调整施肥方式和比例，以达到施肥最佳效果，为小辣椒种植提供保障。
3、大田施肥
一般情况下，大田施肥均与浇水相结合，以追肥为主要模式，且以5-7次为最佳。首先，待小辣椒处于心叶开始生长期且新根发生时，应适当追加活棵肥，最宜采用稀粪水浇灌的方式。其次，待小辣椒处于结果时，应适当追加提苗肥。最后，待小辣椒采摘期时，适当追加稳苗肥。