1、表面平整光滑度不佳。硅藻泥可以完成个性化的复杂肌理制作，因为它是“固体”可以定型，而不是像“液体”一般无法固定形状。但换一个角度来看，这其实也是一个缺点，如果要求如乳胶漆一般表面平整光滑，硅藻泥是无法实现的。
2、硅藻泥的耐沾污能力差。硅藻泥的耐沾污能力与部分专业乳胶漆和瓷砖相比，还是有一定差距的。一般，耐沾污效果好的乳胶漆可以做到普通污渍无法浸透，用湿抹布在表面擦拭即可清理干净，瓷砖表面有釉面保护，这方面的功能更强。但硅藻泥因为表面多孔结构的存在，如果是普通灰尘或泥土还比较容易清理，但遇到一些渗透性强的污渍，尤其是液体性的，很可能会因渗透过深而留下不可逆转的“疤痕”。
3、硅藻泥施工复杂。是精密的仪器越需要细心呵护，像硅藻泥这种以功能性见长的材料，施工时也有很多格外要注意的地方。
4、硅藻泥功能不完善。硅藻泥的很多功能特性都源自于硅藻土自身的调节湿度、呼吸水分功能，但硅藻土本身是无法保证足够粘结强度可以粘在墙上的，任何一种硅藻泥产品都必须在调湿功能和粘接强度上做出取舍。
5、硅藻泥颜色难调整。硅藻泥自身是白色的，要做出其他颜色则必须加入颜料才能实现。由于施工手法、劲道、习惯，以及墙面基层材料的实际情况不同，可能在施工完成后墙面出现不均匀的轻微颜色渐变。