房屋征收补偿协议的主体是房屋征收部门和被征收人。需要强调的是，征收版补偿协议的一方主体是权市、县级人民政府确定的房屋征收部门，而非作出征收决定的市、县级人民政府本身。
签订补偿协议是一种法律行为，要求双方当事人应当具有相应的权利能力和行为能力。不具有机关法人资格的政府工作部门不得被确定为房屋征收部门，不能参与房屋征收法律关系成为补偿协议当事人。
《物权法》第93条规定：“不动产或者动产可以由两个以上单位、个人共有。共有包括按份共有和共同共有。”第94条规定：“按份共有人对共有的不动产或者动产按照份额享有所有权。”第95条规定：“共同共有人对共有的不动产或动产共同享有所有权。”第97条规定：“处分共有的不动产或动产以及对共有的不动产或者动产作重大修缮的，应当经占份额三分之二以上的按份共有人或者全体共同共有人的同意，但共有人之间另有约定的除外。”因此，政府在征收设有共有关系的房屋时，应当与全体共同共有人签订征收补偿安置协议，切忌漏列当事人。