二者主要是应用的基材不同。
环氧铁红底漆
漆膜为铁红色，主要用于碳钢、铸铁、钢内铁基材，附着力比容较好，防锈能力强，在钢结构、机械、设备领域使用较多，配套双组份面漆。
环氧铁红底漆常用配套方法：
环氧铁红底漆+环氧面漆/聚氨酯面漆
环氧铁红底漆+丙烯酸聚氨酯面漆/氟碳漆
环氧锌黄底漆
漆膜为锌黄色，主要用于不锈钢、铝合金、镀锌板基材，对基材进行喷砂或打磨后，可以在光滑金属表面附着。此类金属不可用环氧铁红底漆，会结合不牢固，漆膜脱落。
但是，环氧锌黄底漆中铅、铬含量过多，具有致癌性，对健康和环境有危害。
对于不锈钢、铝合金、镀锌板可以使用ED1000环氧底漆涂装，该漆不含重金属，对基材无需喷砂或打磨，擦洗去除油污即可施工，耐盐雾1000小时，防腐蚀性强。
ED1000环氧底漆涂装不锈钢、镀锌板等常用配套方法：
ED1000环氧底漆+丙烯酸聚氨酯面漆/氟碳漆