1595年，伊丽莎白女王的侍臣约翰・哈林顿爵士，在意大利旅行途中听说了一项令人神往的发明，即一种用水冲掉污物的厕所。当时，伊丽莎白女王上厕所时感到很不舒服，一直抱怨里士满宫殿里弥漫着未倒空的便器味儿。于是，哈林顿前来解难，在里士满宫中试修了一个抽水马桶，结果证明很成功。
哈林顿的设计只是一个超越时代的特例。当时的抽水马桶由于没有任何排污的主管道、没有自来水、也没有什么钱来支付管道装设费用等因素，对大多数人而言仍是不切实际的。他们的排污方法只有一个，就是让掏粪工人将粪便集中起来用车运走，倒进化粪池，化粪池装满后，又得重新挖新的，一切依然照旧。
早期的抽水马桶第一种普遍使用的抽水马桶直到1775年才由伦敦的一名钟表匠克明斯发明。这种马桶上方有一个水箱，一拉手柄，打开阀门，水就流下，同时打开滑阀，把金属马桶里的粪便冲入粪坑。
18世纪后期，英国发明家约瑟夫・布拉梅在克明斯发明的基础之上，又改进了抽水马桶的设计。他采用了一些构件，诸如控制水箱里水流量的三球阀，它能把出口封住；另外还有U形管，它能够保证污水管的臭味不会让使用者闻到。布拉梅改良的抽水马桶1778年取得了专利权。
1870年，英国陶瓷工匠泰福德设计出整体式陶瓷马桶，它的成本比金属马桶低，它有一条蛇形排水管，即S形管，或者说是下水道的存水湾，它总是保存一些水，这些水相当于一个密封垫，将管道内积存的臭气堵住。
1889年，英国水管工人博斯特尔发明了冲洗式抽水马桶，它结构简单，采用了储水箱和浮球阀，所用的阀门和杠杆比以前少，所需水压也低得多，一拉链子，水就从上面的铸铁水箱冲下来，把马桶冲洗干净，水箱水位降低后，浮球阀就自动打开，屋顶水箱里的水就把水箱重新灌满。至此，抽水马桶的结构基本上稳定下来，而抽水马桶的铸铁零件也尽可能地改成了不生锈的塑料。
直到19世纪后期，欧洲的城镇都已安装了自来水管道的排污系统后，大多数人才用上了抽水马桶。
如今，虽然许多人仍在沿用老式马桶，但随着新建住宅的涌现，城市化的扩大，有越来越多的人家都将使用抽水马桶。而曾被看作是藏污纳垢之地的厕所，也因为抽水马桶的冲洗方便和清洁卫生，消除了人们那种紧张和不舒服的感觉。