檀木所散发的香气有益人体心脏、肝脏、肾脏等机能，能有效稳定人体脑波使情绪平衡、安祥、沉静；助益睡眠，更有帮助禅定之效益。中古世纪医学界在消毒空气方面曾采用檀木薰香法来净化空气以利医疗。其主要原因乃檀木燃烧会散发清幽芬芳香气外，本质元素内含杀菌效益，更有稳神定气之神效。当今医学亦有此认同。 黑檀色泽乌黑，质地紧密，香味淡雅悠长。用以装饰尽显庄严，佛教更认为檀木有驱邪避邪之效用。
世界上现存的檀木，有青檀、檀香、绿檀、紫檀、黑檀、红檀、黄檀等。檀在印度的梵语中，有“布施”的意思。这或许是檀木进入佛教仪式的缘起。在佛事生成的殿堂里，烟馨缭绕的檀香在佛经中和定心、安神、醒脑、镇邪、通窍连接在一起。大凡高僧，除了口里念念有词的佛字真言外，手里总有一挂乌黑发亮的紫檀念珠，配合“一念生而万念生”，“一念去而万念不存”的空空佛字真言，紫檀念珠代表了百毒不侵、万古不朽、邪不沾身的对入定诵经者的一种全方位的卫护。佛经里有专门的《佛说旃檀经》，(不过奇怪,我用网络大藏经查找系统找不到此经,好象是收录在永乐大典里的)经里用“此树香洁，世所稀有……利除百病”，给这种自然之中本就罕有的树木拢上更厚实的神秘面纱。
念珠材料
1旃檀木
这种木头主要产于印度尼泊尔和中国的海南等热带地方，经常用来制作念珠的主要有红旃檀和白旃檀木，前者色红，经过长时间的使用会有一种绛红色出现，木质坚硬细腻，是在木类中属于上品的材质。白旃檀也就是白檀香木，它本身有一种清香的味道，经常地用来雕刻佛像和制作香料，由于在佛教中将白旃檀香作为供佛的上品香料和造像用料所以用白檀香木制作的念珠其意义也非常的深广。而且白檀香木还可以入药，有理气化淤祛除污秽等的功效，其香气还有助于修行之人平静心绪，使之容易进入产定的状态。另外还有一些其它种类的檀木，但是应该不属于严格宗教意义上的旃檀木。
2红木类
（1）紫檀，在这一大类的念珠当中，紫檀木应当是最高贵的材料了，在清代宫廷和显贵当中很多的人用紫檀来制作佛龛、佛像、佛珠等佛用器具和朝珠、花雕摆件、家具等物品新制作的紫檀木会有一种清香，使用以后会有一种深沉的紫红色或者黑紫色，其木质坚硬，材质沉重，素有硬木之王的称号。但是由于其材质本身产量稀少，价格昂贵，所以很多的人都用其他的材料来冒充。这种木料不但是佛教用品的珍贵材料，而且在中国以外在印度、尼泊尔、斯里兰卡乃至世界其他国家都是极其珍贵的材料。
（2）黑檀木，这也是一种硬木，其色黑，木质坚硬沉重，使用以后会有一种亚光色泽。经久耐用，也是一种比较珍贵的材料。