农民公寓应该来就是通常自所说的小产权房，其区别于普通商品房的重要一点就是土地的使用性质不同；
农民公寓应该只有一个大的产权证，并且是不可分割的，各地政策不同，其土地的使用年限及后续遇到政策变更带来的处理方式都不一样，具体查阅各地关于小产权房的实施办法；
买卖农民公寓实际上是一个租赁权的买卖，不是产权的买卖；而且最长不能超过20年；
作为自住房屋的话，只要政策不变更，长期租赁与拥有产权的房屋没有任何区别，因为普通商品房也有70年的土地使用权限制；
农民公寓的买卖在合同中只要注明遇到政策变更后的处理方案，其它也就不用担心什么了。
仅就个人理解供您参考！