甲醛的主要危害表现为对皮肤粘膜的刺激作用,甲醛在室内达到一定浓度时，人就有不适感。大于0.08m&179;的甲醛浓度可引起眼红、眼痒、咽喉不适或疼痛、声音嘶哑、喷嚏、胸闷、气喘、皮炎等。新装修的房间甲醛含量较高，是众多疾病的主要诱因。
急性毒性：
LD&8325;&8320;：800mg/kg（大鼠经口），2700mg/kg（兔经皮）；LC&8325;&8320;：590mg/m&179;（大鼠吸入）；[1]
人吸入60～120mg/m&179;，发生支气管炎、肺部严重损害；[1]
人吸入12～24mg/m&179;，鼻、咽黏膜严重灼伤、流泪、咳嗽；人经口10～20mL，致死。[1]
甲醛浓度过高会引起急性中毒，表现为咽喉烧灼痛、呼吸困难、肺水肿、过敏性紫癜、过敏性皮炎、肝转氨酶升高、黄疸等。
亚急性和慢性毒性：
大鼠吸入50-70mg/m&179;，1小时/天，3天/周，35周，发现气管及支气管基底细胞增生及生化改变；[1]
人吸入20-70mg/m&179;长时间，食欲丧失、体重减轻、无力、头痛、失眠；[1]
人吸入12mg/m&179;长期 接触，嗜睡、无力、头痛、手指震颤、视力减退。[1]
甲醛有刺激性气味，低浓度即可嗅到，人对甲醛的嗅觉阈通常是0.06-0.07mg/m&179;。但有较大的个体差异性，有人可达2.66mg/m&179;。长期、低浓度接触甲醛会引起头痛、头晕、乏力、感觉障碍、免疫力降低，并可出现瞌睡、记忆力减退或神经衰弱、精神抑郁；慢性中毒对呼吸系统的危害也是巨大的，长期接触甲醛可引发呼吸功能障碍和肝中毒性病变，表现为肝细胞损伤、肝辐射能异常等。
致突变性：
微生物致突变：鼠伤寒沙门氏菌4mg/L。哺乳动物体细胞突变：人淋巴细胞130umol/L。姊妹染色体交换：人淋巴细胞37pph。[1]
2010来发现，甲醛能引起哺乳动物细胞核的基因突变、染色体损伤、八断裂。甲醛与其他多环芳烃有联合作用，如与苯并芘的联合 作用会使毒性增强。