玉皇阁坐北朝南，总面积为20000多平方米，由前后两院组成。前院为天王殿、东西禅房和东西厢房，均为硬山布瓦顶建筑，北端的玉皇阁和东西相对的钟鼓楼二楼组成后院，钟鼓楼为重檐布瓦顶方亭。其中，天王殿和玉皇阁大殿分布在同一条中轴线上。
天王殿面宽3间，进深两间，脊檩下题“大明万历二十八年岁次庚子孟冬朔月旦元吉创立”。天王殿配有东西正禅房各3间，东西下禅房各3间。
天王殿两侧各有小式硬山布瓦顶角门一座，通过18步石砌台阶就可以直通正殿。
正殿分上中下三层阁楼，都采用了面宽3间，进深两间的建筑布局，为三重檐歇山琉璃瓦顶。
正脊为琉璃花脊，两瑞砌有琉璃盘龙，脊上有泥塑彩色八仙人，
边脊砌大吻跑兽，四角脊梢下装有兽头，上悬挂有铁锋，微风吹来，叮当作响，气势非凡。
玉皇阁大殿为三檐两层楼阁式，上阁楼上悬挂有“玉皇阁”横匾。在第二层楼阁的中间又向外兀突出一檐，下设有游廊一周。
玉皇阁有木柱36根，通贯3层，支撑着整个楼阁。柱上部施栏额和普柏枋，普柏枋上施斗拱，上檐和腰檐斗拱宏大简单，下檐斗拱用材较小，是后世重修时更换的。整个建筑木架全部采用油饰，彩绘则采用“和玺”和“苏式”图样，显得古朴而大雅。