工程施工合同的付款方式由甲乙双方协商。
付款方式国家没有强制性的规定，必须回按照什么比例执行，主要答是依靠合作双方在合同签定时协商，达成一致后按照合同约定付款方式及时间节点进行付款，如果从有利于甲方的情况下，一般都是希望先少付款，而对于乙方（施工方）来说，肯定是希望能够按照进度先行付款。
工程的质保押金一般是留取工程总款的5%作为质保押金。
工程质保期限，建设部2000年颁布的《房屋建筑工程质量保修办法》的相关规定，提到的质保期限分别是：
A、地基基础工程和主体结构工程，为设计文件规定的该工程的合理使用年限；
B、屋面防水工程、有防水要求的卫生间、房间和外墙面的防渗漏，为5年；
C、供热与供冷系统，为2个采暖期、供冷期；
D、电气管线、给排水管道、设备安装为2年；
E、装修工程为2年。
甲乙合作双方可以以此为基础进行协商，但是上述相关项目的质保期限不得低于国家法规规定的时间质保期限。