不对齐是可以的，这种情况在设计上并不罕见。要紧的是梁下的墙体和墙下的基础要满足设计要求。如果是有资质的设计部门出图，他们会计算好的，没问题。如果是自己搞的，，则注意支承梁的墙体厚度、高度，砌墙的砂浆标号、梁下有否设计合理的梁垫，基础宽度等都是有讲究的。
还有，上下层梁不对齐时，可能会出现梁上砌墙的情况，这时的梁是承墙梁，这时的砖墙是和梁共同承载工作的，对墙的要求是砌筑砂浆不低于M5，砖不低于MU10，且一定要保证砌筑质量。
不知你说的纵梁是什么情况，要否设置或取消，与你所需要的空间布置有关，如要取消下面的分隔，上层又要在对应除保留分隔，那设置纵梁是比较经济的，其他办法也有，如设悬挑梁或悬挑板等，但这一般不是合理的方案。
无论是什么方案，请务必请有资质的设计单位来做合计或咨询。不可自作主张，建筑结构设计涉及内容庞杂，非专业人员不易全面掌握，毕竟安全第一，生命是自己的，切切！
回复：构造柱是为加强建筑整体性而设置的，一般设在建筑的薄弱部位和墙转角处。例如，楼梯间是建筑的薄弱部位，如果各层楼梯间竖向不相对应，则构造柱就不能完全一一对应。当然，如果能对应起来更好，但构造柱不是经结构计算配置的构件，所以不一定要拘泥于此。