这要根据水库的基本特性来进行选择，一般采用的防渗方法有水平防渗和垂直防渗。
水平防渗是指采用土工膜等对水库区进行全面铺设的防渗方法，主要适用于没有相对隔水层，岩溶发育，库区多见落水洞的水库。该方法需要考虑的问题是，对于库区面积较大的情况下，铺设面积大，造价昂贵；对于悬托型河谷，需要靠拦截地下水成库的情况下，不适宜采用，一方面不能有效利用地下水成库，另一方面是地下暗河洪水暴涨时，将会对防渗膜造成顶托破坏。
垂直防渗是指采用竖直防渗帷幕钻孔，对水库周边进行拦截防的渗处理方法。主要使用于水库下部存在可利用相对隔水层的情况；对于没有相对隔水层的低矮处补给型河谷，亦可采用悬挂式帷幕进行防渗处理，以增加绕渗半径。垂直防渗帷幕钻孔从水库正常蓄水位高程开始往下灌浆，其下限一般接相对隔水层，并深入相对隔水层5-10m，两岸端点接稳定地下水位，并深入地下水位5-10m。