两店关闭
2011年10月29日，“光合作用”五道口店和现代城店均大门紧闭，无人经营。在五道口店一楼杂志区，所有杂志已被清空，纸屑遍地；二楼图书区，铁门大敞。但所有书架图书一本不剩，书店咖啡屋空留几个杯盘，“祝愿光合作用越来越阳光”等数百张彩色便笺寄语散落一地。“营业额有时候连支付员工工资都不够。”店员小闫表示，五道口店几年来处于亏损状态，自己工资还没有拿到，店内多个员工遭遇欠薪，目前处于失业状态。
SOHO现代城店的门口，空摆几只书架，店内一片狼藉。“头晚供货商抢完货，今儿就没开门。”一名保安称。
加盟店坚持营业
虽然“光合作用”两家直营店人去楼空，但其加盟店仍在继续营业。29日，“光合作用”富力城店员表示，由于属于付费购买“光合作用”的品牌加盟，进货、经营较为独立，所以目前客流量未受影响。但目前北京总公司的电话已经打不通，加盟店也变成受害方，“合同没到期，加盟费要不回来了。”该店员表示，店内以前“光合作用”统一的系统也已经更换。2011年10月29日，多家加盟店表示，顾客虽然仍可到店购买图书，但无法享受打折卡和优惠券的服务，“因为不少人是从直营店办的打折卡，如果从加盟店打折，我们就亏了。“
员工“被辞职”
2011年10月29日，“光合作用”北京方面负责采购的人员透露，28日突然收到总部人力部门短信，称他已经不是“光合作用”的员工。“我是被辞职的，到现在还满脑子疑惑。”这名人员称，对于厦门总公司目前情况并不知情。
“光合作用”总经理孙池接受电话采访称，“高层确实辞职了，是我建议他们辞职的。”孙池表示，之前一些民营供应商来砸过办公室，锁过大门，威胁到了员工的人身安全，“所以我就让他们辞职回家。”孙池说，近三四年来，“光合作用”的销售情况直线下滑，房租、水电等成本却又急剧上涨，“光合作用”的销售连续4年下滑，今年更是下滑了40%，销售和成本两头夹击，压力在不断增长。目前公司确实遇到资金缺乏，拖欠了一些供应商的款项，但员工的工资没有拖欠。
相关声音
对于“光合作用”书房濒临倒闭，众多网友表达了对实体书店文化的怀念和挽留。
@艾可卡622：孙池含着泪光的梦想最终成为现代科技发展的祭品。或许你和我都有“光合作用”情结，流连中收获的不仅是知识，更是人文精神的熏陶。
@五溪蛮：路过五道口，“光合作用”书房已经人去书空。想起那些曾经让我流连忘返的书架，还有夜晚店里帕瓦罗蒂吟唱的背景音乐，忍不住怀念。最近几年，我目睹的关张书店就有第三极、风入松、圆明园单向街、光合作用等，新阅读方式的更迭、网络营销模式的竞争、加上读者群的萎缩，都使得传统书店生存环境逼仄。哀。
@真爱厦门：16年的坚持和执着，北京、上海、厦门31家连锁店，掷地有声的梦想和对“悦读延伸世界”的美好愿望，依旧无法阻挡五千年文化绿地的荒漠化和电子媒体带来的浅阅读时代巨轮，“光合作用”的结果是制造氧气，但没有人文的阳光，只有浮躁庸俗的习气，何以达成？