目前硅藻泥作为环保壁材，优点很多，包括：净化空气、调节湿度、释放负氧离子专、防火阻燃、杀菌属除臭、降噪隔音、保温节能等。但任何东西都不可能是“完美”的，硅藻泥也不例外，它也存在一些缺点，如下：
1、花色不够丰富：通常是浅色调的。
2、不耐脏：硅藻泥颜色淡雅，而且易吸附空气中的灰尘，如果不及时清理，墙壁的颜色会有改变，令家居环境看起来肮脏不堪。
3、硅藻泥怕水（遇水变形）：硅藻泥吸水性良好，一碰到水就变成了水泥。
4、难以清理：硅藻泥怕水，不能用湿毛巾擦洗，灰尘可以使用鸡毛掸子轻弹；其他遗留的污渍需要用橡皮擦；如果污渍渗透较深，就要铲下来，再进行修补了。
5、强度、硬度不高：不能抵抗较大的冲击力，易变性。
6、价格较高。
7、市场较混乱，难以选购到优质的硅藻泥：如果买到劣质产品，不仅没有吸附甲醛的作用，自身还很有可能污染物超标。
8、可能造成二次污染：这个是很重要，大家一定要注意，原理和活性炭类似，吸附饱和之后很可能会释放本身已吸附的污染物分子，造成“二次污染”。