1987年以前发生的超占、非法用地，可按当时的规定处理后以实际使用面积登记。
1987年以后发生的、在经批准用地时超占且符合村庄规划及土地利用总体规划的、拆除后不能还耕或还耕后意义不大、经使用者申请保留使用的，可考虑处罚并在其缴纳一定的土地使用费后以批准面积登记发证，只在备注栏中注明“超占部分何时经何机关处理，今后在房屋有拆迁、重建等变化时必须自行无偿拆除”的字样。对于不符合规划、拆除后能与大块耕地合为一体的须责令拆除，在拆除前不能登记发证，但须进行调查并制作地籍草册，作为遗留问题，待发证工作告一段落后再督促或运用法律程序拆除超占部分后登记发证。