在没有房屋产权证的情况下户主是否是该房屋的合法拥有人

不是，根据我国民法通则的规定，不动产的生效要件为登记。《物权法版》如下规权定：
第九条：不动产物权的设立、变更、转让和消灭，经依法登记，发生效力；未经登记，不发生效力，但法律另有规定的除外。
依法属于国家所有的自然资源，所有权可以不登记。
第十条 不动产登记，由不动产所在地的登记机构办理。
国家对不动产实行统一登记制度。统一登记的范围、登记机构和登记办法，由法律、行政法规规定。
第十一条 当事人申请登记，应当根据不同登记事项提供权属证明和不动产界址、面积等必要材料。