刚浇筑的混凝土12个小时屋顶上面出现小裂纹两三毫米对屋顶质量有影响吗

有，按你说的影响应该不小，因为才12小时。况且是屋顶。最好现在就用水泥浆漫灌一次（屋面干净、湿润的情况下灌），做好养护，看看以后的效果。肯定有影响了。