原两层自建房现想重新翻盖需要部门审批吗

根据国务院发布的《房屋拆迁管理条例》,
第二章 拆迁管理
第六条 任何单位或专个人因建设需要拆属迁房屋，应向城镇房屋拆迁主管部门提出书面申请，同时提交建设项目批准文件、建设用地规划许可证(附红线图)和其他有关批准文书以及拆迁计划和拆迁方案，经城镇房屋拆迁主管部门批准后，发给《拆迁许可证》，方可实施拆迁。

改建房屋，未经审批自行改建违反城市房地产管理条例，属于违章建筑。所以还是需要按上述要求去办，否则邻居告发，你损失就大。一般向城市规划建设部门申报。