抽水马桶按其内部结构分，大致可分为有三类普通的球阀式抽水马桶、自控型节水抽水马桶、气压式抽水马桶。
球阀式抽水马桶：一般在水箱里都装有一个塑料浮球和橡胶的活塞，再加一根进水管和一根出水管，还有一根是排污管，通过浮球的浮力来控制水箱的进水和出水，操作起来也是比较方便的，但是使用寿命却不是很长，价格便宜。
自控节水抽水马桶：马桶体上方是一个大水箱，大水箱的里面安放了一个小水箱，小水箱中有进水控制装置和浮体、
气压式抽水马桶：采用国际先进高科技密封式冲水装置，用水量在6升以下，直线运送距离达到9米远，冲水力特别强劲！新型底座设计，形体和管路保证排水畅通无阻，预留水面比较传统面积大40%，这样减少清洁的工作量，价格较贵。
按外部结构分：有连体式马桶、分体式马桶、内藏式马桶。
连体式抽水马桶：指马桶水箱与基座部分是连为一体的，因此，安装较为简便，不易藏污，所占空间较分体的小。其造型较为简洁、新颖，且显高档。
分体式抽水马桶：指的是马桶水箱与基座部分是分开的，安装时需要用螺钉将基座部分与水箱连接起来，因此安装较为麻烦，且其连接处易藏污，不易打理。
内藏式抽水马桶：也称嵌入式，主要指马桶的水箱部分是嵌入墙内，墙面只留下按键部分，安装较容易，且没有藏污的死角，但是不易修理。