我家房子有两个卫生间一个是在主房内有什么不好吗

这很正常啊。一看你对家装方面就是一窍不通的，一般房子卫生间设计，都是公共的单独一个，然后主卧自带卫生间，这对主卧来说非常方便啊，没有什么不好的。