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安装方式的区别。
入墙式马桶需要在墙体里面安装一个钢内材支架，以此来支撑马桶和容使用者的重量。落地式普通马桶安装比较简单，只要将马桶装上隔臭的法兰圈，正确无误地对准地面排污孔，连接进水管，马桶底部四周用玻璃胶或者白水泥固定就好。
占据空间的区别。
入墙式马桶一般比较小巧，并且因为水箱都是安装在墙体内，所有更加节省空间，适用于一些小户型的家庭。而落地式马桶会占据较多空间。
冲水方式的区别。
入墙式马桶，因为体积小，排水管道没有普通马桶那么长，一般都采用墙排冲水。而落地式马桶可分为直冲和虹吸冲水两种。
维修难度的区别。
入墙式马桶维修更加困难，因为除了马桶本身，几乎所有的配件都是嵌入在墙壁内的，一旦有损坏严重的情形，就需要破墙才能进行维修。而落地式马桶维修起来都是常规的问题，比较容易解决。