到雍正时，又在内阁之外另添一军机处。清宫里的文华殿、武英殿，这是内阁学士办事的地方。雍正又在三大殿背后，另设一个军机处，这就是所谓的南书房，这只是一所很小的屋子。最初皇帝为要保持军事机密，有许多事不经内阁，径由南书房军机处发出。后来变成习惯，政府实际重要政令，都在军机处，不再在内阁。顾名思义，内阁还像是文治，而军机处则明明是一种军事统治的名称。既然最高法令均属于军机，当然只能说它是军事统治了。不过军机处的军机大臣，也是由内阁大臣里挑选出来的，在内阁大臣里挑几个出来到南书房协同皇帝办事，如是，皇帝可以不再到文华殿武英殿商量政事，而只在军机处秘议。所以实际上清代的军机处，也就等于如明朝般，皇帝不出宫来办事，只在里面找几个私人商量。不过清代皇帝比较地聪明，他们鉴于明代太监当权而招亡国之祸的覆辙，所以不在里面找太监，而向外面调大臣。但从制度讲，二者间还是一样。太监也罢，军机大臣也罢，反正都只算是皇帝的私人秘书，算不得朝廷的大臣。我们上次讲，张居正第一不应有权径下政府最高的命令；第二不应要人报皇帝的公事也报他一份。一个首长和其秘书，只算是同一个机关。张居正要人家把公事一份送皇帝，一份送内阁，这便是不合理。倘使张居正正名定义是宰相，那些公文又只要送宰相，不须再送到皇帝。所以从制度论，张居正的办法终是讲不通。清代军机处向六部尚书大臣及各省督抚直接下命令，这些发出的命令还是皇帝的。因为政府最高出命权属于皇帝，军机处不过是皇帝御用的秘书，实实在在只是皇帝的一个“南书房”。
见于《中国历代政治得失》钱穆
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