农民在城里购买了商品房，并不影响对村里原有住房的所有权和农村宅基地的使用权。现阶段，国家保护农民的利益，对于农民进城落户，连土地承包权都不允许收回，何况农民宅基地使用权呢？
就本题来说，题主只说了农民在城里购买了商品房，没说是否落户城里。如果城里买房后将户口迁往城里，已经不再是原农村集体经济成员了，那么，其对农村宅基地的使用权虽然拥有，但期限由永久改为长期，他的农村的老宅子虽然属于自己的，但是不允许翻修新建了，只允许在原有基础上维修维护和使用。
如果农民在城里买了房，但户口没迁入城里，自然还是原农村集体经济成员，其在农村的一切权力不变，农村宅基地的使用权仍然属于永久期限。这样的房子老旧了，可以维修维护，也可以拆除在原地重建，但前提是其在农村只有这一住宅子，符合一户一宅的基本规定。
那么，符合翻建政策的农村住房要重新翻建，需要报哪个部门审批呢？应该说，房屋翻建审批，比第一次申请宅基地要相对简单一些，只所有翻建要审批，是为了符合现在的规划和减少邻里纠纷。
农村房屋翻建，一是要符合城乡规划，纳入规划管理，村民使用原有宅基地进行村民住宅建设，可以实行规划许可管理，规划许可管理应当依据村庄规划进行。农村在原有宅基地上翻建房屋，应当向乡、镇人民政府提出申请，由乡、镇人民政府报市县人民政府城乡规划主管部门核发乡村建设规划许可证，取得许可后即可按具体要求在原宅基地上翻建行为。二是此前要合法拥有宅基地使用权，并且翻建不得超出原宅基地使用范围。只要农民不违背“一户一宅”的基本要求，在使用权人不变、建设地址不变、符合土地利用总体规划和村镇规划，并且不超过当地定的宅基面积标准，在原合法拥有的宅基地上翻建房屋，不需要重新办理用地手续。
也就是说，农民在原有宅基地上翻建住房，不必重新办理用地手续，只须向乡镇政府提出申请，由乡镇政府向县市人民政府报批核发规划许可证，即可在乡镇政府和村集体的监督下，在原有宅基地上翻建房屋。有些地方为了减少邻里纠纷，还制定了翻建房屋要四邻签字的规定，主要是防止翻建中括大面积或随意拔高影响邻里关系。