首先要区分一下是黄斑还是锈斑。
黄斑可以用大理石清洗剂：大理石清洗剂是一种中性高效清洗剂，它可以渗透进入石材微孔清除各种污染性有机黄斑，如草绳、纸板、木材、咖啡、茶叶、果汁、小便等原因造成的多种黄斑和污斑，并不会在石材内残留色素。不仅可用于大理石和白云石等碳酸盐类石材，也可用于花岗石去除有机斑和水斑（合用），也可用于地毯等物的去污漂白，效果确切。化学药水先 拔出，再结晶上光。
如果颜色渗透不是很深，先用MB-2美宝石材深层清洁剂清洁，然后用BKF去锈抛光剂（粉状）调成糊状，敷在大理石表面10小时（注意不要让糊变干，最好用湿一点的毛巾盖上，现在天热，隔2-3个小时加点水，保持湿润），然后看效果，应该能清除的差不多了，然后用MB-4给石材做密封，以后就不会遇到这样的问题了。
你可以先在局部区域试验一下，效果好的话再大面积使用。
渗透的深就没办法了，就算用磨片打磨也改善不了，只有切割换掉。
参考文章：
1、关于石材锈斑的处理方法
首先要区分一下是黄斑还是锈斑,两者的清理是有区别的
锈斑的形成
锈斑主要是由石材中的铁质经氧化反应而成。铁质、水、氧是促成锈斑形成的三大要素。通常，我们按锈斑反应层次的不同将其分成二大类：
（一）深层锈斑。很多石材品种特别是花岗石都含有一定比例的铁质成份，当这些铁质成份与水和氧充分接触后，就会引起氧化反应，生成锈斑。特别容易出现这种锈斑的石材如：美国白麻、山东白麻（小花）、锈石（板岩）等。另外，水泥中的碱质在水的作用下与石材中的铁质发生反应，也会形成锈斑。
（二）表层锈斑。石材在开采、加工、运输、安装的过程中，表面与铁质物体接触后留下少量铁质残留物，这些铁质残留物会与空气中的水份、氧气产生氧化反应而生成锈斑。
锈斑的处理
锈斑的处理方法主要是采用除锈剂来进行处理。在进行除锈处理时，应注意以下几点：
（一）尽量避免采用草酸直接清洗石材锈斑，因为草酸只是简单地把锈斑（Fe2+）氧化还原，被氧化还原的铁离子仍具不稳定性，很容易与空气中的水和氧再次发生氧化反应重新生成铁锈，并且会随着草酸水溶液的流动而进一步扩大锈斑的面积。这就是为什么采用草酸除锈时锈斑会越除越多、越除越大的缘故。
（二）选用除锈剂时，一定要选用质量好的产品。因为好的除锈剂除了酸的成份以外，另外还加有适量的添加剂以保持氧化还原反应中铁离子的稳定性。采用这种除锈剂处理过的锈斑即使不做防护处理，也能保持很长时间不会复发。相反，有些除锈剂只是一些酸的简单混合液，不能保持氧化还原反应中铁离子的稳定性，复发率高。
（三）由于组成大理石和花岗石的成份不同，性质不一样。大理石主要成份为碳酸钙，呈碱性；花岗石的主要成份为二氧化硅，呈酸性。所以使用除锈剂时，一定要分清大理石除锈剂和花岗石除锈剂。花岗石除锈剂绝对不能用于大理石的锈斑处理。
（四）表层锈斑的处理时，只需用除锈剂在表面刷涂即可。有时，也可采用表层磨抛的方法进行处理；深层锈斑的处理相对要复杂一些，需要保持一定的剂量和反应时间。有时还会需要重复使用才能达到理想的效果。
（五）石材在使用除锈剂施工后，建议再用清水清洗一遍，干燥后一定要用优质石材养护剂做好防护处理。目的在于彻底清除氧化反应后的残留物，防止再次发生氧化反应。
2、大理石黄斑的形成及治理
黄斑形成的原因：
1. 使用化学物品不当对石材造成污染；
2. 高碱水泥砂浆与石材内部元素反应；
3. 石材本身有裂痕或材质较疏松，粘土成分高；
4. 石材含敏感元素成分较高产生化学反应；
5. 在石材表面打蜡或做其它密封型处理，影响透气性；
6. 空气不流通，影响石材透气；
7. 未做防水处理，石材水份过高；
8. 石材保护不当，由木材、草绳、纸箱污染所致。
预防黄斑的措施：
1. 尽量采用裂痕较少粘土成份低的大理石；
2. 尽量采用敏感元素成分较低的石材；
3. 建议所有石材在安装前做六面防护处理；
4. 在采用裂痕较多、粘土成份高的大理石或含铁矿质、敏感元素成分较高的花岗石时，建议在安装前全部采用高品质防护剂进行六面防护处理；
5. 尽量少使用含树脂成份较高的石材防护剂或其它劣质养护剂；
6. 尽量避免采用高碱水泥或劣质粘接剂进行安装施工；
7. 平时注意保养，发现污汁应及时清理。
8. 尽量避免采用草绳、纸板、木材等材料来保护、包装或运输石材。
黄斑的处理：
1. 先要彻底区分黄斑的种类，弄清其形成的原因。对由外部污染所造成的黄斑，最好能充分了解污染的过程。
2. 要特别区分黄斑和锈斑。锈斑的处理方法请参照锈斑部份。
3. 对使用云石胶或其它粘接剂不当所形成的黄斑，可以先用云石铲刀清除石材表面的残留胶质，然后再用除胶水清洗被污染的石材表面部份。同时，也可以根据污染的程度采用磨抛的方法进行处理。
4. 对由石材内部元素与水泥反应所形成的黄斑及由草绳、纸板、木材污染而形成的黄斑，应先用黄斑清除剂处理，