分为以下两种情况：
1、经济适用房分两种，经济适用房管理的房子，一般就是内集资建房或容者是回迁房，也就是常说的二类经济适用房，交易的时候买方出3％的土地出让金。
2、另外一种就是经济适用房立项的房子，回迁后不是按照回迁房给的，而是按照商品房处理的，所以商品房是不用交这个3%的。
扩展资料：
不同的情况地价内涵不同，缴纳土地出让金的标准也应该有很大的不同。
1、转会谈判确定的最低价格标准只有通过一定比例的不同用途的基准地价不能满足需求的土地价格为不同的土地条件和难以操作，导致的无效的最低价格标准协商转让发表在一些地方。
2、具体土地出让价的内涵往往与约定的最低土地出让价的内涵不一致，两者不具有可比性。如果据此确定约定的土地出让金，不仅可能导致国有土地资产的流失，而且往往侵犯原土地使用者的权益。
3、根据国土资源部土地估价结果证实改革通知和处置措施审批的土地，土地使用权转让价格可以作为企业权利包括在企业资产中，划拨土地需要支付的使用土地，土地使用权价格和利润的一部分会计转移基金分配的土地使用权，并不适用于协议根据上述条款，确定最低标准。
参考资料：百度百科-经济适用房