首先要看你的高层建筑是否需要分区设计，一般由于承压问题，超过100米的楼层都会分区，否则需要用高承压的钢材和高承压的主机水室（如1.6MPa的）。分区以后板换二次侧则为接力泵系统；而在一次侧这边，如果是一个二次泵变流量系统设计，其一次泵主要克服主机蒸发器压降，常规温差的主机一般在15m～18m扬程左右（根据主机蒸发器压降选择）；二次泵扬程主要根据系统最不利末端的压降选择，具体的需要进行水力计算，一般估计的话系统管道阻力100Pa一米是没问题的（流速2m/s左右）。注意最好放一些余量，不止是为了气蚀余量，主要是防止系统多年运行后水泵磨损造成的损失。二次泵的实际运行根据末端最不利环路的压差控制，这个自控的会去处理。
一次侧和二次侧之间记得要加旁通管，常规二次泵变流量系统设计中管路上没有阀门，以保证一次侧流量恒定。
大致需要注意的就是这些，但是其他还有很多内容，如加减机逻辑等，建议继续去了解一下。
根据你的补充说明，不是很明白你的系统设置，为什么冷却塔放在10F裙房上还需要用板交把主机和冷却塔隔开？难道你的主机机房比冷却塔位置高么？
假设你的机房是常规设置在底楼的，算B2好了，那么你的冷却水泵扬程选择应该是主机冷凝器压降+冷却水沿程阻力损失+冷却塔布水压降（5m）然后再加余量。
其实冷冻水二次泵的选型也是一样。假设47层高楼层，每层层高3.5m，你首先需要确定设备层的位置，（一般是像13这样不吉利的数字）则假设24层为设备层，用于放置高区板式热交换器和高区区域泵。则二次泵所需扬程仅为B2F到24F管路沿程损失+板式热交换器一次侧压降（如果板式热交换器侧为最不利末端）然后再加安全系数。一般需要32～38m扬程。
另外旁通管内水是用来保证一次侧流量不低于主机设计最小流量的。与二次泵流量无关。如果你发现二次泵流量大于一次泵流量，说明你的控制有问题，这个二次泵变流量系统是失败的。