博物馆在形式上分为三部分。中心部分是入口处、大厅和博物馆花园；西部为展区；东部为现代美术画廊、教育设施、茶水服务以及行政管理功能等，该部分还将成为与忠王府连接的实际通道。忠王府将恢复成原貌。由于忠王府难以在现有的结构下提供合适的展览空间，它将被用作展示其丰富建筑遗产的橱窗以及那些通常无需高档展示空间的艺术品，诸如家具和雕塑等。大厅是博物馆的核心，位于入口的前庭与博物馆花园之间。这个拥有八个角的大厅是通过对传统的苏州建筑和中国建筑要素的几何形状转变以及重新诠释设计出来的，它是所有参观者的导向并为去博物馆所有展区提供通道。
常设展厅
新石器时代和吴文化文物的展厅，影视厅、多功能厅都安排在地下室。 苏州博物馆的基本陈列展厅只有一层，该馆展区设有“吴地遗珍”、“吴塔国宝”、“吴中风雅”、“吴门书画”这4个常设展厅：其中“吴地遗珍”系列包括晨光熹微、争伯春秋、锦绣江南、都会流韵四个主题展室；“吴塔国宝”系列包括瑞光寺塔佛教文物和虎丘云岩寺塔佛教文物两个主题展室；“吴中风雅”系列包括书斋长物、陶冶之珍、攻玉巧技、雕镂神功、文房雅事、闲情偶寄、墨戏草堂（即宋画斋，室外）、锦绣浮生展厅；“吴门书画”尤以吴派及吴派源流诸子、四王吴恽及其源流诸子、扬州画派诸子等作品居多。
特展厅、现代艺术展厅
现代艺术展厅位于东路的首层，特展厅位于负一楼，特展厅和现代艺术展厅不定期地举办海内外现代艺术品展览，以丰富市民的文化生活。
除了字画、双塔瑰宝、明清瓷器和苏州工艺美术品展区外，还将布置特色家具展区，以强调苏州丰富的艺术和文化传统。在人流路线的终点处，也就是在它的花园庭园处，安排一个宋代书斋的复制品，主要展示当年的工艺品和家具。字画展区设在自然采光的八角型大厅的二楼，高高的墙面为展示字画长卷提供了背景上的便利。现代美术作品设在博物馆花园东边的一个特别展区里，展区由1.35米的模块组合而成。