这两个部门是对立的
简单说是用南书房限制议政王大臣会议
复杂的说就是：
中国清代前期满族上层贵族参预处理国政的制度。“议政王大臣”之名正式出现于崇德元年(1636)以后，但满族上层贵族与议国政的制度，却早在清太祖努尔哈赤建立后金汗国之初即已形成。当时满族处于奴隶制向封建制转变之际，尚存有浓厚的奴隶主贵族军事民主的习俗。后金的军国大事，都由诸贝勒等人共议裁决。诸贝勒大都是努尔哈赤的子侄等宗室贵族。明万历四十三年(1615)努尔哈赤创建八旗制度之后，又置议政大臣五人，理事大臣十人，与诸贝勒每五日朝集一次，协议国政。天命六年(1621)二月，努尔哈赤命四大和硕贝勒按月分值，国中一切机务，俱令值月贝勒掌握。天命七年三月，努尔哈赤又谕令八旗旗主贝勒共议国政。至天聪年间(1627～1636)，除宗室贵族中被封为贝勒者充当议政的成员外，八旗固山额真(见都统)也兼充议政。至此，在天命及天聪年间，这种由宗室贵族及八旗中的五大臣、固山额真等组成的议政制度，虽无议政王大臣会议之名，实际上是议政王大臣会议制度的早期形态。
随着国家的逐渐统一及封建君主专制制度的加强，象征着贵族政治权力的议政王大臣会议制度必然与皇权产生矛盾。议政王大臣会议人数的增加，较低级别的贵族和大臣的参加议政，实际上降低了议政王大臣会议的权力与地位。顺康时期，设立南书房行走，由内阁处理政务，而雍正时又设立军机处，作为赞襄皇帝决策的机构，使权力日益集中于皇帝。议政王大臣会议虽然继续存在，但所议之政，已只限于军务、皇帝出巡、旗务、少数民族事务及重大刑审案件等具体事务，无关乎军国大事。至乾隆五十六年(1791)，乾隆帝取消了议政王大臣职名，自此议政王大臣会议制度也随之消失。