盐酸是解决马桶污垢的好办法，尤其对尿的结垢很有效。但用盐酸洗对马桶表面的釉质伤害很大，使釉质毛糙，以后更容易结垢。所以尽量别用盐酸洗马桶。应保持马桶清洁，隔几天就用毛刷刷一下，使马桶不产生污垢是最好的办法。
还可以选择使用以下方法：
食醋除垢法：将醋和清水的混合液倒人马桶，浸泡半天后，积垢会一刷即掉。
砂纸除垢法：用最细的砂纸来摩擦马桶污垢，可去除清洁剂不能去除的污垢。
小苏打除垢：将小苏打撒在马桶里，然后用热开水冲泡半个小时，污垢即可以刷掉。
漂白粉溶液除垢法：先用漂白粉溶液擦拭一下，过一会儿再用水冲净即可。
自制小刷子刷洗马桶：抽水马桶生成黄色的污垢，用刷子很难清洗，可将废旧的尼龙袜绑在棍子一端，蘸发泡性清洁剂刷洗，1个月清次，即可保持马桶洁白。
清洁剂除垢：先在马桶内放入适量的水，用马桶刷清洗一遍后，再倒入5-10毫升的清洁剂或盐酸液，用刷子涂均匀后刷洗。如果污垢较重，可再倒少许清洁剂浸泡后刷洗，直至干净。盐酸有很强的腐蚀性，如果用盐酸清洗，要注意安全，不要溅到皮肤上。
冲水时宜将马桶盖盖上如厕之后，多数人没有将马桶盖盖上冲水的意识，大都是一冲了之。如果冲水时马桶盖是打开的，马桶内的瞬间气旋最高可以将病菌或微生物带到6米高的空中，并悬浮在空气中长达几小时，最后落在物品或墙壁上。这样就极易污染空气及室内物品。现在大部分家庭中，如厕、洗漱、淋浴都在卫生间里进行，牙刷、漱口杯、毛巾等也是与马桶共处一室，自然就很容易受到细菌污染。因此，应养成冲水时盖上马桶盖的习惯。在去年非典疫情期间，香港卫生署曾把“如厕后冲水要盖上马桶盖”作为市民预防非典的举措之一。
马桶边尽量不设废纸篓大多数家庭都会在马桶边设一个废纸篓，放置使用过的厕纸、卫生巾等，这样极易滋生细菌，并随空气散播，存放的时间越长，滋生的细菌就越多。所以，马桶边尽量不设废纸篓。如果一定要用，也要选带盖子的，以防细菌散播，并及时处理用过的厕纸。另外，还可以在需要时，备一个卫生袋并且做到随时处理掉。
马桶圈细菌多，需作重点清洁马桶上易有痢疾杆菌产生，它多是通过人体尿液、粪便传播，痢疾杆菌在阴暗潮湿的地方一般能存活10多天。另外，还有不少人喜欢在马桶上套一个布垫圈，这种做法更容易吸附、滞留排泄污染物，使传播疾病的可能性增大。在这种与人们皮肤的接触最“亲密”又是细菌容易藏匿的地方，清洁工作显得更为重要。一般家庭应做到每隔一两天用稀释的家用消毒液擦拭，做到定期重点清洁马桶圈。
马桶刷要保持清洁干燥马桶刷是清洁马桶的基本工具。如果不注意马桶刷的清洁和干燥，它也会成为污染源。每次刷完污垢，刷子上难免会沾上污物，建议先用清水冲洗一遍，待水沥干后，再喷洒消毒液，最后把马桶刷挂在通透的地方，不要随便放在角落里，也不要放在不透风的容器里。
先用有柄的吸子把马桶内的水分排挤走，水分留得越少越好。然后，把高浓度漂白水倒在尼龙刷上伸进马桶内壁及底部曲颈各处，均匀刷拭，最少漂浸半小时，然后用清水冲洗，这样黄渍与臭味就会随漂白水之杀菌消毒去渍的力量，清除净尽。
注意，氯系漂白剂，不可以和任何酸性洗洁剂同时使用，以免产生氯气，造成危险。马桶外侧的部分，可用水冲洗，再用干布擦拭即可。
若用五金铺买来的镪水清洁马桶，会因为太强烈而侵蚀马桶的瓷质，使污垢更易黏附，马桶不久便会形成一片去不掉的啡色。其实可改用洁厕液清理，若效果不好，可用玻璃樽装“安全漂白水”，杂货店有售。用法是把安全漂白水倒在尼龙刷上，然后刷拭马桶，几分钟后，再一面冲水一面刷拭。若污迹仍未去除，宜令漂白水在马桶停长些时间才冲洗。