可以把自己建的小房子拆了吗

严格来说，按照相关规定。
农村在自有宅基地上，进行翻建，增建。都要到乡回镇的国答土资源局，进行审批后方可兴建。如未经审批私自建设，虽然是在自己的宅基地上兴建，但也属于违章建筑。村委村是无权拆的，但村委会可以举报到执法部门执行。
楼主所说情况，应该去相关部门补办手续。所说的相关部门并不是村委会。具体咨询国土资源局，和城建局。
其实现在农村宅基地的翻建，增建大多都是先建好，后补证的。只要手续齐全，任何人都无权拆的！