1、笔头不同。记号笔的笔头多为圆的，马克笔是方头拥有坚硬笔头。
2、记号笔一般以油性为主，色泽不易脱落，因其功能单一，颜色种类选择不多，笔头的变化也较少。马克笔一般有油性、水性、酒精三种，颜色种类繁多，笔头变化也较大。
3、记号笔颜色较少，多用于做记号。马克笔颜色较多，多用于画图。
4、记号笔颜色不易擦除，马克笔颜色容易擦除。
记号笔是一种可在纸张、木材、金属、塑料、搪陶瓷等一种或多种材料上书写作记号或标志的笔。记号笔分为油性记号笔和水性记号笔。水性记号笔可以在光滑的物体表面或白板上写字，用抹布就能擦掉，油性记号笔写的就不易擦除。
马克笔（英语：Marker pen或marker），又名记号笔。是一种书写或绘画专用的绘图彩色笔，本身含有墨水，且通常附有笔盖，一般拥有坚硬笔头。
马克笔的颜料具有易挥发性，用于一次性的快速绘图。常使用于设计物品、广告标语、海报绘制或其他美术创作等场合。可画出变化不大的、较粗的线条。箱头笔为马克笔的一种。现在的马克笔还有分为水性和油性的墨水，水性的墨水就类似彩色笔，是不含油精成份的内容物，油性的墨水因为含有油精成份，故味道比较刺激，而且较容易挥发。如果玩具掉漆可以用马克笔补色。