无证房屋形成的一部分原因是历史形成的；另一个原因是部分单位和居民法制意识薄弱，没有及时依法办理房屋的产权手续。无证并非违章，应具体情况具体分析，即使属于违章建筑，也应根据行政法中的“比例原则”即《行政处罚法》中的“过罚相当”原则给予合理补偿。至于如何补偿，可以考虑建造的时间、当时的立法状况、当时执法机关是否存在不作为等因素综合制定无证房屋的征收补偿方案。
房屋建造时严重违反城乡规划及土地管理法或明知已经发布征收公告或者即将被征收而恶意抢建的房屋可以不予补偿。土地使用权是一项独立的财产权，根据《物权法》第一百二十一条规定，因不动产或者动产被征收、征用致使用益物权消灭或者影响用益物权使用的，用益物权人有权获得相应补偿。进而可知，无论被征收人的房屋是否属于违建，对被征收人的土地使用权都应给予公平、合理的补偿。
房屋系合法建造，不存在权利瑕疵，未取得合法产权证明，是由于不可归咎于其自身的历史遗留问题造成的，且如果被拆迁人在上述房屋内已长期生活居住，应当得到合法补偿安置。
《城市房屋拆迁管理条例》所称被拆迁人，是指被房屋屋的所有人，而非拥有产权证明的人，产权证明只是房屋所有权的证明方式之一。条例第二十二条第二款规定，拆除违章建筑和超过批准期限的临时建筑，不予补偿。而本案中王先生所居住房屋并非违章建筑，也并非超过批准期限的临时建筑，且根据房改政策，其对上述房屋享有完全所有权，应当对其进行合法补偿安置。
《国务院办公厅关于认真做好城镇房屋拆迁工作维护社会稳定的紧急通知》（国办发明电[2003]42号）强调，各地要本着实事求是的原则,采取积极有效的措施,切实解决城市房屋拆迁中久拖不决的遗留问题。对拆迁范围内由于历史原因造成的手续不全房屋,应依据现行有关法律法规补办手续。对政策不明确但确属合理要求的,要抓紧制订相应的政策,限期处理解决；一时难以解决的,要耐心细致地做好解释工作,并积极创造条件,争取早日解决。
除此之外，各地多有制定相关政策规范因历史遗留问题导致的房屋补偿问题，如《解决漳州市区拆迁安置房办理产权登记历史遗留问题意见》、《武汉市征用集体土地房屋拆迁补偿历史遗留问题处理意见（试行）》等，都可以作为拆迁补偿安置时的参考。
妥善解决由不可归咎于个人的历史遗留问题导致的无证房屋的拆迁补偿安置问题是一个法律问题，更是一个社会问题。实践中，此类房屋并不在少数，从人情、合理的角度，不予补偿安置的做法定然是不妥当的；从法律角度来讲，对房屋相关权利人应当依法进行合法安置补偿。
农村对于房屋的使用是比较随意的，不过随着国家政策的深入相信不久后拆迁房屋居住十几年无证的情况就就不会出现了，拆迁房屋居住十几年无证补偿吗的问题也会销声匿迹。随着土地政策的深入，拆迁补偿的问题我们就不需要再担心，只需要跟着政策走即可，当然如果政策有问题的话可以选择进行检举上诉。