我只知道北京和上海，厦门没住过也没研究过，所以不便谈论。我是学环境专业的，大学版时对权京沪两地的空气质量都有过研究。
学术界给出的数据大概是这样，如果比较空气中的氮氧化物，硫化物，碳氧化物的话，上海的空气要比北京糟糕很多。如果比较颗粒物的话，北京要比上海稍差些。原因是上海附近有很多化工厂，宝钢，金山化工区，塑胶厂等等，工业排放很多。北京你也知道，首都嘛，所有的工业制造业都不允许在首都附近建设，都外迁其他省份了。
但北京的可吸入颗粒物要多些，因为内蒙的浮沉，东北华北焚烧秸秆，东北华北烧煤采暖，所以北京的冬季很容易出现雾霾天，就是颗粒物浓度较高造成的。
所以上海的空气看似比北京干净，但未必有北京清新。因为上海的污染物多是化工排放，不容易看见。