两者的区别主要在于材料、性能与效果。
防腐木具有防腐蚀、防潮，防真菌，版防虫权蚁、防霉变以及防水等特性，能够直接接触土壤及潮湿环境；这也就意味着，防腐木阳光房可以直接与花园无缝连接，让植物群完全跨过阳光房墙而不分开。防腐木与铝合金相比，由于其独特的颜色，更贴近自然，与自然融为一体；同时，由于防腐木受热胀冷缩的影响小，不容易随温度变形，能适应更多种类的温度环境，使用范围更广。
而对于铝合金，虽然铝合金阳光房适应的温度环境相对少（金属热胀冷缩效应相对强），且与环境相对不搭配，但这种反差反而能给人一种特别的美感，充满现代的气息与先进性。同时，铝合金由于硬度更大，与防腐木相比更为坚固，能够应对更剧烈的震动等特殊情况。
总之两者各有各的好处，选择那一者就看具体环境与个人需求、喜好了。