墨玉的颜色经常是不均匀的，黑色呈花斑、条带状分布。在鉴别中应注意与绿黑色碧玉、黑色青玉、黑色烟青玉的区别。
墨玉含有石墨，石墨晶体呈片状，若晶片比较大，在光线的照射下应该可以看到片状的反光，薄片石墨晶体呈现金褐色反光，厚片呈现银灰色反光。墨玉透不透光线要看厚度，薄一点墨玉片还是透光的。墨玉中颜色浅一些的可以透光，透不透光还要看厚度。墨玉的透明度比较低，但玉质感还是有的，有些墨玉只是黑，没有玉质感，也不能算是好的墨玉。
墨玉即使在强光照射下观察也是黑色。墨玉的基底可以是白玉、青白玉、青玉等多种玉质，其中以白玉基底沁入石墨形成的墨玉最为美观，市面上见到的也比较多。
由于含石墨量多少不同，墨玉的黑色深浅分布不均，墨玉原料习惯上被称为“青花料”，青花的“青”在这里就是黑色的意思，一般情况下黑色含量或色率达到40％以上就可以称为墨玉。