室内好像不是通过外面的太阳采光的，似乎光线是在里面形成的。大理石和马赛克在闪闪发光，各种各样的金银铜物件装饰着数不胜数的壁龛。两侧耳廊由柱头镀金的列柱与中殿分开。穹顶边缘用铜链悬挂着熠熠生辉的银质吊灯。圣坛上镀金的银质圣像屏帏上绘着基督、圣母玛利亚及使徒的像。门上刻有用查士丁尼和狄奥多拉名字的起首字母组成的花押字。据说执事官保罗赞叹围绕着圣坛的红帷幔，衬托着身穿闪金光的长袍的基督，像玫瑰色的曙光倾泻而下，落在神的膝盖和紫红色的长袍上。 作为一个朝圣膜拜的地方，大教堂似乎是无以伦比的!“无论何时任何人进入教堂祈祷”，普罗科匹厄斯记载：“他立刻就会明白，这并非出自任何凡人的力量或技艺，而是上帝的感召力使这一作品变得如此精妙绝伦……这不只发生在第一次看到教堂的人身上，在以后每次景仰中的感受都是新的”。当查士丁尼第一次进入竣工的教堂时就感到无比的振奋。
537年12月27日，脚手架被拆除了，人们终于看到了整个壮观的建筑。查士丁尼坐着4匹马拉的大车离开皇宫前往大教堂出席落成典礼。在中殿的人口前，他撇开随从和主教，一个人快步进入布道台，将两手伸向天空，喊到：“赞颂上帝，是你给我信心建造了这座伟大的建筑。啊，所罗门，我已经超越了你!”
建造大教堂只用了5年10个月零4天，这真是一个奇迹。但后来的事故却表明穹顶可能盖过于草率。20年后，553年8月和557年12月，地震震裂了穹顶，558年5月7日，一大块穹顶和毗邻的半圆穹顶及东部的拱券倒塌。幸运的是，其余结构尚完好无损。查士丁尼命令迅速重建穹顶。这次是小伊西多尔(伊西多尔的侄子)帮助了安提米乌斯，第二次建的穹顶更高更稳固，并保存至今。建筑中的男一项创造可归功于伊西多尔。为支撑穹顶，他建造了“理想的”帆拱，一种从穹顶延伸下来带有不同曲线的各自独立的构件。另外他在穹顶基座外部安置了―道新的砖石砌体以增强支撑力。
在此后1000多年自然与人为的蹂躏下，大教堂不断地被破坏，又不断地被修复。它先是成了伊斯兰教战胜基督教的象征。苏丹穆罕默德二世于1453年5月29日攻克了君士坦丁堡，大教堂被改为清真寺，称“艾亚索非亚清真寺”。在教堂外，穆罕默德二世时，在旁边加上了四座“叫拜塔”。在教堂内，用简洁的阿拉伯字体书写的《古兰经》经文代替了原先熠熠生辉的镶嵌画，以颂扬伊斯兰教的真主安拉。近500年之后，大教堂仍然是座清真寺，1921年美国拜占廷学院被允许着手发掘和清洗镶嵌画。1935年，土耳其共和国首任总统凯末尔把大教堂改为博物馆。
由此可见，圣索菲亚大教堂的建筑艺术，已超越了政治，超越了宗教。但我们仔细想想，是宗教激发了创作者的灵感，才建造了这么伟大的杰作。宗教与艺术的关系值得我们深思。